西暦2009年、墜落から10年の歳月をかけ修復された巨大戦艦「マクロス」を操り、人類は異星の侵略者との抗争に突入していく。侵略者を迎え撃つのはタイピング操縦によってVF-1バルキリーを駆使する若きパイロット達！
貴方はバルキリー小隊に入隊したばかりの新人パイロット、一条輝となり、ゼントラーディ軍との最終決戦に備えたトレーニングに挑む！